Một lô hàng bị giữ tại cảng vì tờ khai thiếu chứng từ, hoặc bị phân luồng đỏ do khai sai mã HS, có thể khiến doanh nghiệp phát sinh chi phí lưu kho, lưu container cao hơn nhiều lần lợi nhuận dự kiến của lô hàng đó. Nắm đúng trình tự thủ tục hải quan — từ chuẩn bị hồ sơ, khai báo đến thông quan — là điều kiện bắt buộc để hàng hóa xuất nhập khẩu lưu thông đúng tiến độ và tránh phát sinh chi phí ngoài kế hoạch. Bài viết hệ thống hóa quy trình 6 bước theo quy định hiện hành, cùng những sai sót doanh nghiệp thường gặp trong thực tế.
Hồ sơ hải quan gồm những gì
Theo Luật Hải quan 2014 và Thông tư 38/2015/TT-BTC (sửa đổi, bổ sung bởi Thông tư 39/2018/TT-BTC và Thông tư 121/2025/TT-BTC, ban hành 18/12/2025, hiệu lực 1/2/2026), hồ sơ hải quan đối với hàng hóa xuất nhập khẩu thương mại thông thường gồm:
- Tờ khai hải quan điện tử, khai qua Hệ thống thông quan tự động VNACCS/VCIS.
- Hóa đơn thương mại (commercial invoice).
- Vận đơn (bill of lading đối với hàng đường biển, airway bill đối với hàng đường hàng không) hoặc chứng từ vận tải tương đương.
- Bảng kê chi tiết hàng hóa (packing list) đối với lô hàng có nhiều chủng loại, quy cách.
- Hợp đồng thương mại (sales contract) hoặc chứng từ có giá trị tương đương.
- Giấy phép nhập khẩu, giấy chứng nhận kiểm dịch, chứng nhận hợp quy hoặc chứng từ quản lý chuyên ngành khác — áp dụng khi mặt hàng thuộc danh mục quản lý chuyên ngành.
- Chứng nhận xuất xứ hàng hóa (C/O) — nộp khi doanh nghiệp muốn áp dụng thuế suất ưu đãi đặc biệt theo hiệp định thương mại tự do.
- Chứng từ liên quan đến trị giá hải quan, cung cấp bổ sung khi cơ quan hải quan có yêu cầu tham vấn hoặc kiểm tra trị giá.
Bộ hồ sơ cụ thể có thể thay đổi tùy loại hình xuất nhập khẩu (kinh doanh, gia công, sản xuất xuất khẩu, đầu tư…) và tùy mặt hàng có thuộc diện quản lý chuyên ngành hay không. Rà soát danh mục quản lý chuyên ngành trước khi khai báo giúp tránh thiếu giấy phép khi hàng đã về đến cảng.
Quy trình 6 bước từ khai báo đến thông quan
Bước 1 – Chuẩn bị hồ sơ và xác định mã HS, trị giá tính thuế
Doanh nghiệp xác định mã số HS phù hợp với bản chất hàng hóa, áp dụng biểu thuế xuất nhập khẩu hiện hành, đồng thời xác định trị giá hải quan làm cơ sở tính thuế. Đây là bước quyết định tính chính xác của toàn bộ tờ khai — sai mã HS hoặc sai phương pháp xác định trị giá là nguyên nhân phổ biến nhất dẫn đến bị ấn định thuế hoặc xử phạt sau này.
Bước 2 – Khai báo tờ khai hải quan điện tử qua VNACCS/VCIS
Thông tin lô hàng được khai trên Hệ thống thông quan tự động VNACCS/VCIS. Hệ thống tiếp nhận, kiểm tra sơ bộ tính đầy đủ, hợp lệ của thông tin khai báo và cấp số tờ khai.
Bước 3 – Hệ thống phân luồng tự động (xanh, vàng, đỏ)
Dựa trên các tiêu chí quản lý rủi ro, hệ thống tự động phân loại tờ khai vào một trong ba luồng kiểm tra, quyết định mức độ kiểm tra hồ sơ và hàng hóa ở bước tiếp theo.
Bước 4 – Kiểm tra hồ sơ và/hoặc kiểm tra thực tế hàng hóa
Tùy luồng được phân, công chức hải quan kiểm tra chi tiết hồ sơ giấy (luồng vàng) hoặc kiểm tra thực tế hàng hóa tại cảng, kho, bãi (luồng đỏ). Doanh nghiệp cần xuất trình đầy đủ chứng từ gốc và phối hợp trong quá trình kiểm hóa.
Bước 5 – Nộp thuế và các khoản phải nộp ngân sách nhà nước
Doanh nghiệp nộp thuế xuất khẩu/nhập khẩu, thuế giá trị gia tăng khâu nhập khẩu (nếu có) và các khoản thuế, phí khác theo quy định, tương ứng với mã HS và trị giá đã khai báo. Việc nộp thuế đúng hạn ảnh hưởng trực tiếp đến tiến độ thông quan.
Bước 6 – Thông quan và giải phóng hàng
Sau khi hồ sơ được chấp nhận và nghĩa vụ thuế được hoàn tất (hoặc được bảo lãnh/ân hạn theo quy định), hệ thống xác nhận thông quan, hàng hóa được giải phóng khỏi khu vực giám sát hải quan.
Phân luồng xanh - vàng - đỏ
Việc phân luồng dựa trên hệ thống quản lý rủi ro của cơ quan hải quan, đánh giá mức độ tuân thủ của doanh nghiệp và đặc điểm lô hàng:
- Luồng xanh: Miễn kiểm tra chi tiết hồ sơ và miễn kiểm tra thực tế hàng hóa. Hệ thống chấp nhận thông tin khai báo, doanh nghiệp thực hiện nghĩa vụ thuế và có thể thông quan ngay sau đó.
- Luồng vàng: Cơ quan hải quan kiểm tra chi tiết hồ sơ giấy trước khi quyết định thông quan, không kiểm tra thực tế hàng hóa trừ khi phát hiện dấu hiệu nghi vấn trong quá trình kiểm tra hồ sơ.
- Luồng đỏ: Kiểm tra chi tiết hồ sơ đồng thời kiểm tra thực tế hàng hóa. Đây là luồng mất nhiều thời gian và chi phí nhất, thường áp dụng với doanh nghiệp mới, mặt hàng rủi ro cao hoặc có dấu hiệu bất thường trong khai báo.
Mức độ tuân thủ lịch sử của doanh nghiệp (chấp hành tốt pháp luật hải quan, không có vi phạm) là yếu tố giúp giảm tần suất bị phân vào luồng vàng, đỏ trong các lần khai báo sau.
Chi phí và thời gian thông quan
Chi phí thông quan không chỉ gồm thuế xuất nhập khẩu mà còn có thể phát sinh phí hạ tầng cảng biển tại một số địa phương, phí lưu kho, lưu bãi, lưu container khi hàng bị giữ kiểm tra, phí giám định chuyên ngành và lệ phí hải quan theo quy định. Về thời gian, tờ khai luồng xanh thường thông quan nhanh ngay trong ngày làm việc; luồng vàng, đỏ kéo dài hơn tùy khối lượng kiểm tra thực tế. Doanh nghiệp nên tính dự phòng thời gian cho lô hàng lần đầu khai báo hoặc mặt hàng dễ bị phân luồng cao.
Sai sót thường gặp
- Khai sai mã HS dẫn đến áp sai thuế suất, bị ấn định thuế hoặc xử phạt vi phạm hành chính.
- Thiếu hoặc sai lệch chứng nhận xuất xứ (C/O) khi muốn hưởng thuế suất ưu đãi đặc biệt.
- Khai trị giá hải quan không đúng phương pháp, không cung cấp được chứng từ chứng minh khi cơ quan hải quan tham vấn.
- Chậm bổ sung hồ sơ, chứng từ trong thời hạn quy định, khiến tờ khai bị treo hoặc chuyển luồng kiểm tra cao hơn.
- Không cập nhật danh mục hàng hóa quản lý chuyên ngành, dẫn đến thiếu giấy phép khi hàng đã cập cảng.
- Nhầm lẫn giữa các loại hình xuất nhập khẩu (kinh doanh, gia công, sản xuất xuất khẩu), làm sai lệch hồ sơ và nghĩa vụ thuế đi kèm.
Câu hỏi thường gặp
Thủ tục hải quan mất bao lâu để thông quan một lô hàng? Thời gian phụ thuộc vào luồng phân loại: luồng xanh thường nhanh nhất, luồng vàng và đỏ kéo dài hơn do phải kiểm tra hồ sơ hoặc hàng hóa thực tế. Doanh nghiệp nên chuẩn bị hồ sơ đầy đủ ngay từ đầu để giảm rủi ro chậm trễ.
Doanh nghiệp mới thành lập có được tự làm thủ tục hải quan không? Có. Doanh nghiệp có thể tự khai báo qua hệ thống VNACCS/VCIS hoặc ủy quyền cho đại lý làm thủ tục hải quan. Với doanh nghiệp chưa có kinh nghiệm, việc phối hợp cùng đơn vị tư vấn giúp giảm rủi ro sai sót ở bước đầu.
Tờ khai bị phân luồng đỏ có đồng nghĩa với việc doanh nghiệp vi phạm không? Không nhất thiết. Phân luồng dựa trên tiêu chí quản lý rủi ro tổng thể, không phải bằng chứng vi phạm. Tuy nhiên doanh nghiệp cần phối hợp kiểm tra đầy đủ để tránh phát sinh thêm vướng mắc.
Có thể sửa tờ khai hải quan sau khi đã nộp không? Doanh nghiệp có thể khai bổ sung hồ sơ hải quan trong các trường hợp và thời hạn theo quy định pháp luật hải quan hiện hành. Việc khai bổ sung ngoài thời hạn hoặc sai quy trình có thể bị xử lý vi phạm hành chính.
Đặt lịch tư vấn cùng TLA để rà soát quy trình khai báo hải quan và giảm thiểu rủi ro chậm thông quan cho lô hàng của doanh nghiệp.
